Lãnh đạo phong trào Đông Du, Phan Bội Châu đã tổ chức Công hiếu hội, tập hợp 200 lưu học sinh Việt Nam sang Nhật học tập chính trị, khoa học, quân sự. Những năm cuối cùng trên đất Nhật, ông lập ra các hội có tính chất "đoàn kết quốc tế", như hội Điền, Quế, - Việt liên minh (liên minh giữa những người Vân Nam, Quảng Tây với Việt Nam) và hội Đông Á đồng minh (gồm một số người Nhật Bản, Trung Quốc, Triều Tiên, Ấn Độ, v.v...) để giúp nhau chống lại bọn đế quốc.
Khoảng tháng 3-1909, tổ chức Đông Du bị giải tán và Phan bị chính phủ Nhật trục xuất. Trở về ẩn náu tạm thời trên đất Trung Quốc ít lâu, Phan Bội Châu sang Xiêm hoạt động. Hơn một năm sau, khi cách mạng Tân Hợi (1911) thành công, Phan lại trở về Trung Quốc và thành lập Việt Nam quang phục hội mà tôn chỉ duy nhất là đánh đuổi giặc Pháp, khôi phục nước Việt Nam, thành lập nước "Cộng hòa dân quốc Việt Nam".
Sau những hoạt động yêu nước, Phan bị thực dân Pháp nhờ bọn quân phiệt Trung Quốc bắt giam ngày 24-12-1913.
Năm 1917, khi Phan Bội Châu ra tù, thì chiến tranh thế giới lần thứ nhất sắp kết thúc. ảnh hưởng Cách mạng tháng Mười Nga và phong trào đấu tranh giải phóng dân tộc sôi nổi khắp thế giới, đã tác động lớn đến Phan Bội Châu. Cụ đã viết báo ca ngợi lãnh tụ Lênin vĩ đại, ca ngợi Nhà nước Công nông của Liên Xô, v.v... Những năm này tuy phải sống bằng nghề viết báo ở Hàng Châu, làm biên tập viên của tờ Bình sự tạp chí, nhưng Phan vẫn không quên lợi dụng báo chí để tuyên truyền chống Pháp và tiếp tục tìm đường cứu nước. Giữa năm 1924, phỏng theo Trung Quốc dân đảng của Tôn Trung Sơn, Phan Bội Châu đã cải tổ Việt Nam quang phục hội thành Việt Nam quốc dân đảng. Tháng 12-1924, sau khi được tiếp xúc với Nguyễn Ái Quốc, Phan dự định sang năm sau (1925) sẽ cải tổ lại Việt Nam quốc dân đảng theo hướng tiến bộ nhất. Nhưng ngày 30-6-1925, trên đường từ Hàng Châu về Quảng Châu để nhóm họp anh em, Phan Bội Châu vừa đến ga bắc Thượng Hải thì bị thực dân Pháp bắt cóc đem về nước. Chúng âm mưu bí mật thủ tiêu Phan Bội Châu, nhưng việc bị bại lộ, nên phải đưa ra xử ở Tòa đề hình Hà Nội. Tính mạng "bậc anh hùng, vị thiên sứ, đấng xả thân vì độc lập, được hai mươi triệu con người trong vòng nô lệ tôn sùng" (1) bị uy hiếp, gây ra một phong trào bãi khóa, bãi công, bãi thị rầm rộ khắp cả nước. Trước phong trào đấu tranh mạnh mẽ đó, thực dân Pháp bối rối, phải tuyên bố tha bổng nhưng bắt Phan phải về sống ở Huế mà không được đi bất cứ đâu.
Từ năm 1926 trở đi, Phan Bội Châu là người tù bị giam lỏng ở Bến Ngự. Đến đây, cuộc đời hoạt động cách mạng nguyện hiến dâng tất cả cho Tổ quốc của Phan Bội Châu phải bỏ dở. Phong trào cách mạng Việt Nam theo đà phát triển mới của lịch sử tiến như vũ bão. Mặc dù "Ông già Bến Ngự" phải sống cuộc đời "cá chậu chim lồng" nhưng cụ vẫn làm thơ văn để nói nỗi khổ nhục của người dân mất nước, trách nhiệm của người dân đối với nước... Đó là các tác phẩm: Nam quốc dân tu tri, Nữ quốc dân tu tri, Bài thuốc chữa bệnh dân nghèo, Cao đẳng quốc dân, Luân lý vấn đáp, Lời hỏi thanh niên... Phan Bội Châu niên biểu, Lịch sử Việt Nam diễn ca. Đó cũng là các công trình biên khảo hết sức đồ sộ như Khổng học đăng, Phật học đăng, Xã hội chủ nghĩa, Chu dịch, Nhân sinh triết học, cùng với trên 800 bài thơ nôm các loại, mấy chục bài phú, văn tế, tạp văn khác.
