Vì:

- Mục đích khác nhau: Khởi nghĩa Yên Thế thì muốn chống lại Pháp để giành lấy độc lập còn phong trào Cần Vương thì muốn chống Pháp để khôi phục lại chế độ phong kiến.

- Thời gian tồn tại khác nhau: Khởi nghĩa Yên Thế là 30 năm còn phong trào Cần Vương là 10 năm.

- Bộ phận lãnh đạo khác nhau: Khởi nghĩa Yên Thế là nông dân còn phong trào Cần Vương là văn thân và sĩ phu.

- Địa bàn hoạt động khác nhau: Khởi nghĩa Yên Thế ở Bắc Giang và một số tình Bắc Kì còn pt Cần Vương thì ở các tình Trung và Bắc Kì.

- Lực lượng tham gia cũng khác nhau: Khởi nghĩa Yên Thế chỉ có nông dân còn phong trào Cần Vương gồm có văn thân, sĩ phu và cả nông dân.

- Phương thức đấu tranh khác nhau: Khởi nghĩa Yên Thế có đa dạng phương thức đấu tranh ( vũ trang, hòa hoãn, tác chiến,...) còn pt Cần Vương chỉ có 1 hình thức đấu tranh là đấu tranh vũ trang.

- Tình chất của 2 cuộc KN&PT: Khởi nghĩa Yên Thế là mang tính chất tự phát, tự vệ còn pt Cần Vương thì lại là pt yêu nước thể hiện tinh thần dân tộc sâu sắc trong công cuộc chống Pháp.

- Phong trào Cần Vương cuối thế kỉ XIX  là sự tiếp tục cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp xâm lược của nhân dân ta, không phải từ khi bắt đầu có chiếu Cần Vương (7/1885) mà đã được chuẩn bị ngay sau khi triều đình Huế kí Hiệp ước Quý Mùi (1883). Đáp lại việc kí hiệp ước đầu hàng, phong trào kháng chiến của nhân dân bùng nổ khắp nơi. Sự phân hóa trong giới quan lại của triều đình đã dẫn đến cuộc tấn công quân Pháp ở kinh thành Huế và ngay sau đó, khi có chiếu Cần Vương, phong trào hưởng ứng chủ trương Cần Vương cứu nước diễn ra sôi nổi từ 1885 – 1 896.

- Mục đích của phong trào là đánh đuổi quân xâm lược Pháp để khôi phục nhà nước phong kiến đã sụp đổ (trung quân – ái quốc), nhưng mục đích lớn nhất trước hết là đánh giặc cứu nước, đó là yêu cầu chung của cả dân tộc. Chính mục đích này chi phối nên sau khi vua Hàm Nghi bị bắt, từ 1888 – 1896 không cò sự chỉ đạo của triều đình, phong trào vẫn tiếp tục phát triển quyết liệt, quy tụ tại một số trung tâm lớn như các cuộc khởi nghĩa Bãi Sậy, Ba Đình và đặc biết là cuộc khởi nghĩa Hương Khê.

- Lãnh đạo các cuộc khởi nghĩa không phải là các võ quan triều đình như trong thời kì đầu chống Pháp mà chủ yếu là các văn thân sĩ phu yêu nước có chung một nỗi đau mất nước với quần chúng lao động nên đã tự nguyện đứng về phía nhân dân chống Pháp xâm lược.

- Lực lượng tham gia kháng chiến chủ yếu là các văn thân, sĩ phu, nông dân yêu nước.

- Về thời gian: cuộc khởi nghĩa tồn tại dai dẳng gần 30 năm (1895- 1913), gây cho địch nhiều tổn thất.

- Mục tiêu chiến đấu không phải là để khôi phục chế độ phong kiến, bảo vệ ngôi vua như các cuộc khởi nghĩa cùng thời (khởi nghĩa Yên Thế không thuộc phong trào Cần vương). Khởi nghĩa Yên Thế không chịu sự chi phối của tư tưởng "Cần Vương" mà là phong trào đấu tranh tự phát của nông dân để tự vệ, bảo vệ quyền lợi thiết thân, giữ đất giữ làng.

- Lãnh đạo cuộc khởi nghĩa không phải là các văn thân, sĩ phu mà là những người xuất thân từ nông dân với những phẩm chất đặc biệt (tiêu biểu là Hoàng Hoa Thám): căm thù đế quốc, phong kiến, mưu trí, dũng cảm, sáng tạo, trung thành với quyền lợi của những người cùng cảnh ngộ, hết sức thương yêu nghĩa quân.

- Lực lượng tham gia khởi nghĩa đều là những người nông dân cần cù, chất phác, yêu cuộc sống. Nghĩa quân chiến đấu rất quyết liệt, có lối đánh linh hoạt, cơ động buộc kẻ thù hai lần phải giảng hòa và nhượng bộ một số điều kiện có lợi cho ta. Đặc biệt trong thời kì đình chiến lần thứ hai, nghĩa quân Yên Thế còn liên lạc với các nghĩa sĩ yêu nước theo xu hướng mới như Phan Bội Châu, Phan Châu Trinh.

- Khởi nghĩa Yên Thế tiêu biểu cho tinh thần quật khởi của nông dân, có tác dụng làm chậm quá trình xâm lược, bình định vùng trung du và miền núi phía Bắc của thực dân Pháp.