- Về thời gian: cuộc khởi nghĩa tồn tại dai dẳng gần 30 năm (1895- 1913), gây cho địch nhiều tổn thất.
- Mục tiêu chiến đấu không phải là để khôi phục chế độ phong kiến, bảo vệ ngôi vua như các cuộc khởi nghĩa cùng thời (khởi nghĩa Yên Thế không thuộc phong trào Cần vương). Khởi nghĩa Yên Thế không chịu sự chi phối của tư tưởng "Cần Vương" mà là phong trào đấu tranh tự phát của nông dân để tự vệ, bảo vệ quyền lợi thiết thân, giữ đất giữ làng.
- Lãnh đạo cuộc khởi nghĩa không phải là các văn thân, sĩ phu mà là những người xuất thân từ nông dân với những phẩm chất đặc biệt (tiêu biểu là Hoàng Hoa Thám): căm thù đế quốc, phong kiến, mưu trí, dũng cảm, sáng tạo, trung thành với quyền lợi của những người cùng cảnh ngộ, hết sức thương yêu nghĩa quân.
- Lực lượng tham gia khởi nghĩa đều là những người nông dân cần cù, chất phác, yêu cuộc sống. Nghĩa quân chiến đấu rất quyết liệt, có lối đánh linh hoạt, cơ động buộc kẻ thù hai lần phải giảng hòa và nhượng bộ một số điều kiện có lợi cho ta. Đặc biệt trong thời kì đình chiến lần thứ hai, nghĩa quân Yên Thế còn liên lạc với các nghĩa sĩ yêu nước theo xu hướng mới như Phan Bội Châu, Phan Châu Trinh.
- Khởi nghĩa Yên Thế tiêu biểu cho tinh thần quật khởi của nông dân, có tác dụng làm chậm quá trình xâm lược, bình định vùng trung du và miền núi phía Bắc của thực dân Pháp.
