Sự thất bại của cuộc khởi nghĩa Yên Thế, theo nhiều học giả, có thể do các nguyên nhân:
- Tư tưởng lãnh đạo của Đề Thám (chủ hòa) không hợp với nhiều nghĩa quân (chủ chiến).
- Nhiều nghĩa quân đã bị trói buộc vào tình trạng tá điền không công cũng gây nên sự rạn nứt trong nội bộ của nghĩa quân.
- Nghĩa quân Yên Thế chưa lấy được lòng dân do đôi khi nghĩa quân vẫn cướp bóc, sách nhiễu dân chúng.
- Mục tiêu của cuộc khởi nghĩa chỉ là để giữ một vùng đất nhỏ độc lập với chính quyền của Pháp, chỉ phù hợp với nông dân lưu tán cư trú ở Yên Thế, mà không cuốn hút được các thành phần xã hội khác ở Việt Nam lúc đó.
- Thiếu cộng tác với các phong trào chống Pháp khác tại Việt Nam lúc đó.
- Do Pháp cấu kết với lực lượng phong kiến.
- Tôn Thất Thuyết ( 1839 – 1913), là quan phụ chính đại thần
Chính sách của Pháp và những biến động về kinh tế ở Việt Nam trong 4 năm chiến tranh đã tác động mạnh đến tình hình xã hội ở Việt Nam:
- Giai cấp nông dân: Nạn bắt lính, nạn chiếm đoạt ruộng đất, sưu thuế ngày càng nặng; thiên tai, lụt bão, hạn hán liên tiếp xảy ra làm cho đời sống của nông dân ngày càng bần cùng.
- Giai cấp công nhân: tăng lên về số lượng, đặc biệt trong hai ngành khai mỏ và trồng cao su.
- Tư sản Việt Nam: trong một số ngành đã thoát khỏi sự kiềm chế của tư bản Pháp.
- Tầng lớp tiểu tư sản thành thị: cũng có bước phát triển rõ rệt về số lượng.
⟹ Tư sản và tiểu tư sản tăng về số lượng nhưng chưa trở thành giai cấp. Họ giữ những vai trò kinh tế, chính trị nhất định, song lực lượng chủ chốt của phong trào dân tộc thời kỳ này vẫn là công nhân và nhân dân
