Thân rễ và thân củ đều do thân phát triển thành, tuy nhiên, thân rễ là phần thân bò lan ở dưới mặt đất, thân củ là biến dạng của thân, tạo nên chất dinh dưỡng dự trữ cho cây. Một phần thân rễ có thể phình to ra tạo ra củ, nhưng cũng có loại thân củ không nằm dưới mặt đất như củ su hào.
Vậy sự khác nhau cơ bản là: thân rễ nằm ở dưới mặt đất, thân củ có thể nằm ở trên hoặc dưới mặt đất.