Ngộ độc thức ăn chủ yếu do những nguyên nhân dưới đây:
Thức ăn thường bị nhiễm vi khuẩn, siêu vi hoặc ký sinh trùng
Thực phẩm có chứa độc chất phụ gia thêm như hóa chất bảo quản, hóa chất tạo màu, tạo mùi, tạo vị…
Trong thực phẩm chứa một số chất độc tự nhiên do hiện tượng ô nhiễm môi trườngVd :ngộ độc thực phẩm mùa hè thường do thức ăn nhiễm vi sinh vật (vi khuẩn, ký sinh trùng), vì mùa hè nhiệt độ cao thuận lợi cho vi sinh vật sinh sôi và phát triển.