Trần Nhân Tông tên thật là Trần Khâm sinh ngày 11 tháng 11 âm lịch năm Mậu Ngọ niên hiệu Thiệu Long năm thứ 1 (tức ngày 7 tháng 12 năm 1258). Ông là con trai đầu lòng của Trần Thánh Tông và Nguyên Thánh Thiên Cảm Hoàng hậu Trần Thị Thiều.Trần Khâm ngay từ khi sinh ra đã được tinh anh thánh nhân, thuần túy đạo mạo, sắc thái như vàng, thể chất hoàn hảo, thần khí tươi sáng, nên vua cha và ông nội – Thái thượng hoàng Trần Thái Tông đã gọi ông là Kim Tiên đồng tử .Người xưa đều kể rằng bên vai phải Trần Khâm có nốt ruồi đen lớn như hạt đậu; người xem tướng đoán rằng hoàng tử về sau sẽ làm được việc lớn.