Nguyên nhân chính của việc ngộ độc thực phẩm là do ăn, uống thực phẩm đã bị nhiễm khuẩn hoặc bị ô nhiễm hóa học (kim loại nặng, độc tố vi nấm...). Theo các chuyên gia về an toàn vệ sinh thực phẩm thì ngộ độc thực phẩm mùa hè thường do thức ăn nhiễm vi sinh vật (vi khuẩn, ký sinh trùng), vì mùa hè nhiệt độ cao thuận lợi cho vi sinh vật sinh sôi và phát triển. Đặc biệt thực phẩm có nguồn gốc từ động vật như thịt, trứng, cá, sữa là các chất giàu đạm, rất dễ trở thành môi trường tốt cho các vi sinh vật, nhất là vi khuẩn gây bệnh phát triển, và khi đó thức ăn đã biến thành chất độc.Biện pháp là vệ sinh nhà bếp,rửa kỹ thực phẩm,nấu chín thực phẩm,đậy thức ăn cẩn thận,bảo quản thức ăn chu đáo
