Trung tâm Dự báo Khí tượng Thủy văn Quốc gia cho biết, ngay từ giữa năm 2019, mực nước thượng lưu sông Mê Kông ở mức thấp hơn trung bình nhiều năm từ 2,5m đến 5,0m, ở trung và hạ lưu thấp hơn từ 2,5m đến 3,5m. Tổng lượng dòng chảy từ thượng nguồn sông Mê Kông về Đồng bằng sông Cửu Long tại trạm Kratie (Campuchia) thấp hơn trung bình nhiều năm cùng kỳ 48%, tương đương năm 2010, đây là năm thiếu hụt kỷ lục.
Theo nhận định của các chuyên gia khí tượng thủy văn, năm nay hiện tượng El Nino trở lại khu vực, lượng nước mưa khá thấp. Tiếp đó là chuỗi các đập thủy điện ở thượng nguồn đều đồng loạt tích nước vào hồ chứa, lượng nước xả về hạ lưu rất ít. Nếu các tỉnh đầu nguồn khu vực Đồng bằng sông Cửu Long tiếp tục chạy theo làm lúa vụ 3 (vụ thu đông) sẽ làm các vùng ven biển khan hiếm nước hơn. Theo đó, nước mặn sẽ theo thủy triều lấn sâu hơn vào đất liền và có nhiều nguy cơ nhiễm mặn cả những vùng nước ngọt trước đây như TP. Cần Thơ, tỉnh Vĩnh Long và sẽ mở rộng ra các tỉnh còn lại.
Tình trạng nguồn nước bị nhiễm mặn, ô nhiễm nước mặt sẽ tăng nhu cầu khai thác nước ngầm làm tình trạng lún sụt đồng bằng thêm nặng nề. Theo Ðài Khí tượng - Thủy văn Tiền Giang, tình hình xâm nhập mặn trong mùa khô năm nay ở khu vực Tiền Giang xuất hiện xấp xỉ trung bình nhiều năm nhưng sớm hơn và xâm nhập sâu hơn năm 2018. Ðộ mặn lớn nhất mùa khô năm 2019 - 2020 có khả năng xuất hiện vào nửa cuối tháng 3/2020. Tại tỉnh Bến Tre, cuối năm 2019, nước mặn đã lấn sâu từ các cửa sông vào đất liền. Cụ thể, độ mặn 4‰ xâm nhập sâu nhất đến xã Thành Thới A (huyện Mỏ Cày Nam) trên sông Cổ Chiên, cách cửa sông khoảng 40 km; độ mặn 1‰ đã xâm nhập sâu nhất đến xã Mỹ Thành (TP. Bến Tre) trên sông Hàm Luông, cách cửa sông khoảng 56 km.
Trước tình hình nêu trên, Uỷ ban Nhân dân tỉnh Bến Tre đã có công văn chỉ đạo các đơn vị, địa phương khẩn trương thực hiện nhiều biện pháp phòng, chống, ứng phó xâm nhập mặn như đắp đập ngăn mặn cục bộ, kiên quyết không để người dân sản xuất ở những vùng thiếu nước, theo dõi chặt chẽ diễn biến xâm nhập mặn để có giải pháp xử lý kịp thời...
Do trời nắng hạn liên tục làm cho mực nước trong các sông, rạch vùng ngọt hóa của tỉnh Cà Mau xuống rất thấp. Nguy cơ thiếu nước tưới, xâm nhập mặn ảnh hưởng năng suất vụ lúa đông xuân là rất lớn. Hiện, tỉnh Cà Mau có khoảng 36.000ha đất chuyên canh lúa. Trong đó, tập trung phần lớn tại vùng ngọt hóa của huyện Trần Văn Thời. Việc xuống giống vụ mùa đông xuân năm nay rất thuận lợi nhưng do mùa mưa kết thúc sớm nên bà con đang đối diện nguy cơ thiếu nước.
Mực nước trên các sông, rạch trong vùng ngọt hóa của tỉnh Cà Mau đang rút nhanh, so với cùng kỳ năm 2018 đã xuống thấp hơn khoảng 0,5m. Nhất là vùng ngọt hóa của huyện Trần Văn Thời nằm giáp biển nên tình hình mặn xâm nhập được dự báo diễn biến phức tạp. Dự báo cao điểm vào tháng 1/2020 có những nơi xâm nhập mặn có thể vào tới 100km. Do đó các tỉnh, thành phố khu vực này cần sớm có biện pháp chủ động phòng chống hạn hán ở Đồng bằng sông Cửu Long đang có nguy cơ gay gắt, thậm chí ở mức khốc liệt.
Chính vì vậy, các địa phương trong khu vực đang tích cực bố trí cơ cấu mùa vụ hợp lý, nhằm hạn chế ảnh hưởng của xâm nhập mặn. Đặc biệt, ưu tiên sử dụng các giống lúa thơm, chất lượng cao, ngắn ngày, nhóm giống chịu mặn, để thuận tiện cho việc cung cấp nước tưới, bảo đảm sử dụng nước tiết kiệm, hiệu quả...