Sự thất bại của cuộc khởi nghĩa Yên Thế, theo nhiều học giả, có thể do các nguyên nhân:
- Tư tưởng lãnh đạo của Đề Thám (chủ hòa) không hợp với nhiều nghĩa quân (chủ chiến).
- Nhiều nghĩa quân đã bị trói buộc vào tình trạng tá điền không công cũng gây nên sự rạn nứt trong nội bộ của nghĩa quân.
- Nghĩa quân Yên Thế chưa lấy được lòng dân do đôi khi nghĩa quân vẫn cướp bóc, sách nhiễu dân chúng.
- Mục tiêu của cuộc khởi nghĩa chỉ là để giữ một vùng đất nhỏ độc lập với chính quyền của Pháp, chỉ phù hợp với nông dân lưu tán cư trú ở Yên Thế, mà không cuốn hút được các thành phần xã hội khác ở Việt Nam lúc đó.
- Thiếu cộng tác với các phong trào chống Pháp khác tại Việt Nam lúc đó.
- Do Pháp cấu kết với lực lượng phong kiến.
