Bắc Hà rối loạn vua Lê Chiêu Thống phải dựa vào Nguyễn Hữu Chỉnh. Nguyễn Hữu Chỉnh từ đây chống lại Tây Sơn. Nguyễn Huệ cho quân ra Bắc diệt Nguyễn Hữu Chỉnh. Lê Chiêu Thống chạy sang Bắc Kinh. Giữa năm 1788, Nguyễn Huệ lại ra Bắc xây dựng chính quyền ở Bắc Hà.
Vì cả 3 lần tiến quan ra Bắc, Nguyễn Huệ đều được nhân dân hưởng ứng và các sĩ phu nổi tiếng như Ngô Thì Nhậm,... giúp sức trong việc xây dựng chính quyền ở Bắc Hà, bởi Nguyễn Huệ đã biết trọng dụng họ, phong chức tước cho họ.