Tuy nhiên từ đây cũng nảy sinh một số vấn đề mà không ít người quan tâm đó là bệnh tôm/cá nói riêng và bệnh thuỷ sản nói chung. Có thể nói bệnh thuỷ sản đã làm nông ngư dân hao tốn nhiều tiền bạc, vốn liếng và làm cho các nhà chuyên môn luôn đau đầu để tìm nhiều biện pháp khống chế, khắc phục. Liên hệ đơn giản nhất chúng ta cũng có thể thấy những năm gần đây bệnh đốm trắng ở tôm, bệnh đốm đỏ do vi rút gây ra ở cá trắm cỏ, bệnh do TiLV trên cá rô phi năm 2017, 2018… đã ảnh hưởng rất lớn đến nghề Nuôi trồng thuỷ sản theo hướng thâm canh. Vì vậy vấn đề bệnh thuỷ sản đã trở thành mối quan tâm của mọi người và cũng là thách thức đối với sự phát triển chung của ngành thuỷ sản.
