Khi cuộc tấn công thất bại, Tôn Thất Thuyết phải đưa vua chạy ra Tân sở (Quảng Trị). Tại đây, ngày 13 - 7 - 1885, ông nhân danh vua Hàm Nghi ra “Chiếu Cần vương”, kêu gọi văn thân và nhân dân đứng lên giúp vua cứu nước. Từ đó. một phong trào yêu nước chống xâm lược đã dâng lên sôi nổi, kéo dài đến cuối thế kỉ XIX, được gọi là phong trào cần vương, về diễn biến của phong trào, có thể chia thành hai giai đoạn : 1885 - 1888 và 1888 - 1896. ở giai đoạn 1885 - 1888, phong trào bùng nổ khắp cả nước, sôi động nhất là các tỉnh Trung Kì và Bắc Kì.
Tháng 11 - 1888, nhờ có tay sai dẫn đường, quân Pháp vào được nơi ở của nhà vua, bắt và đưa Hàm Nghi đi đày sang An-giê-ri (châu Phi).
Tuy Hàm Nghi bị bắt nhưng phong trào cần vương vẫn được duy trì và dần quy tụ thành những cuộc khởi nghĩa lớn, có quy mô và trình độ tổ chức cao hơn trong giai đoạn 1888 - 1896.
