Vì thế kỉ XVI-XVIII là thời gian mà nước ta có nhiều biến cố: chiến tranh Bắc - Nam; chiến tranh Trịnh - Mạc; ... Chiến tranh xảy ra liên miên làm đời sống vật chất và tinh thần của nhân dân có nhiều xáo trộn, bị gián đoạn. Hơn nữa, Nho giáo dần xuất hiện những hạn chế nên cả 2 tôn giáo đều khó có cơ hội phát triển.
