Tùy theo từng cách chia mà có nhiều loại hệ sinh thái khác nhau:
- Hệ sinh thái nước mặn, ví dụ: hệ sinh thái vùng biển Thái Bình Dương
- Hệ sinh thái nước ngọt, ví dụ: hệ sinh thái sông Hồng ở nước ta
- Hệ sinh thái trên cạn gồm có: hệ sinh thái rừng nhiệt đới, sa mạc và hoang mạc, sa van đồng cỏ, thảo nguyên, rừng lá rộng ôn đới, rừng thông phương Bắc, đồng rêu hàn đới,...