Do ảnh hưởng của vùng áp thấp kết hợp với không khí lạnh, trong các ngày 06 – 07 tháng 10, mưa lớn đã xảy ra khắp các tỉnh từ Quảng Ngãi đến Phú Yên, với lượng mưa phổ biến 250 – 300 mm/24 giờ. Đặc biệt, một số nơi như núi Bạch Mã, Thừa Thiên – Huế có mưa lên tới 405 mm, Sa Huỳnh, Quảng Ngãi mưa 360 mm,^[11] vùng núi tại huyện Minh Hóa, Quảng Bình, lượng mưa đo được 646 mm.^[12]

Tại tỉnh Thừa Thiên – Huế, sáng 10 tháng 10 các hồ thuỷ điện Tả Trạch, Bình Điền tiếp tục điều tiết qua tràn và tuabin với lưu lượng tăng dần, mực nước sông Hương lên trên báo động III (+3,5 m)^{[Ghi chú 3]} khoảng 0 – 0,2 m vào khoảng 12 – 14 giờ. Mưa lớn diễn ra và kéo dài, khiến toàn thành phố Huế chịu ngập lụt, các huyện xung quanh như Quảng Điền, Phú Lộc, Phú Vang, thị xã Hương Thủy, Hương Trà chịu lũ. Mực nước sông Hương chiều 11 tháng 10 là 3,84 m, trên báo động III là 0,34 m, nước dâng lên trên 0,57 m vào 20 giờ tối,^{[Ghi chú 4][13]} chạm mốc báo động IV, tương đương với Đại hồng thủy 1999^[14]; sông Bồ 4,76 m, trên báo động III là 0,26 m,^[1][15] mực nước hồ Tả Trạch là 42,2 m, lưu lượng đến hồ 698 m³/s. Tại tỉnh Quảng Bình, từ ngày 09 – 10, lũ trên các sông Kiến Giang tại Lệ Thủy ở mức trên báo động III, gây ngập lụt trên diện rộng, mực nước trên sông Gianh lũ dao động ở mức báo động I, báo động II. Tình trạng ngập lụt xảy ra trên hạ lưu các sông, đặc biệt các huyện Minh Hóa, Tuyên Hóa, Quảng Trạch, Bố Trạch, Quảng Ninh, Lệ Thủy, hầu hết toàn tỉnh.^[16] Ở Quảng Trị, ngày 12, mực nước các sông lớn trên địa bàn: Thạch Hãn, Ô Lâu, Bến Hải, sông Hiếu đều vượt mức báo động III; trong đó, lưu vực sông Thạch Hãn và Ô Lâu nước lên rất nhanh,^[17] sông Thạch Hãn đạt 7,40 m, trên báo động III là 1,4 m,^[18] trên lũ lịch sử năm 1999 là 0,11 m.^[19]

Sau vùng áp thấp 91W, một áp thấp nhiệt đới khác mạnh lên thành Bão số 6 (tên quốc tế là Linfa)^[20] trong các ngày 10 và 11 tháng 10. Sáng ngày 11 tháng 10, Bão Linfa đổ bộ vào đất liền tỉnh Quảng Ngãi. Do tác động từ hoàn lưu bão kết hợp dải hội tụ nhiệt đới vắt qua Trung Trung Bộ và không khí lạnh, từ 11 đến 12 tháng 10, ở vùng Trung Trung bộ mưa rất to, có nơi đặc biệt to với tổng lượng mưa phổ biến từ Thừa Thiên – Huế đến Quảng Nam 500 – 700 mm, có nơi trên 700 mm, các tỉnh Quảng Trị, Quảng Ngãi từ 400 – 600 mm, tỉnh Quảng Bình, Bình Định, Phú Yên từ 300 – 500 mm. Trong giai đoạn này, miền Trung tiếp tục đón nhận ba đợt áp thấp nhiệt đới, lũ lụt kéo dài gây ảnh hưởng nghiêm trọng tới địa phương toàn khu vực. Khoảng thời gian này cũng xuất hiện các vùng miền Trung có thay đổi khác nhau, một số vùng lũ rút với tiến độ chậm, nhiều vùng chìm trong nước. Miền Trung tiếp tục chịu ảnh hưởng đợt lũ lụt thứ hai dưới tác động của các áp thấp liên tục mới.^[21]