Phân chuồng sau khi được ủ sẽ phải vận chuyển sớm ra đồng. Sau đó vùi ngay vào đất để tránh mấtđạm ở dạng dễ tiêu (35 – 40%).
Nên sử dụng phân chuồng nửa hoai mục cho cây trồng. Có lợi cho việc cung cấp dinh dưỡng và vừa lợi về mặt cải tạo đất.
Chỉ sử dụng phân chuồng được ủ hoai mục ở ruộng mạ, vườn ươm. Và nhưng loại rau ngắn ngày.
Không nên bón phân chuồng tươi cho cây trồng và đất. Vì phân chuồng tươi có hàm lượng dinh dưỡng khó tiêu hơn, nhiều nấm bệnh, hạt cỏ dại. Nếu đem bón cho cây trồng cũng không hấp thu được mà còn bị lây nấm bệnh, cỏ dại.
Bón phân chuồng nhằm đảm bảo cung cấp lượng dinh dưỡng kali. Bởi vì so với đạm và lân thì hàm lượng của Kali cao hơn hếtt.
Nên sử dụng kết hợp phân chuồng và phân bón hóa học. Do tác động hỗ trợ nhau sẽ làm tăng hiệu quả chung của việc bón phân.
Phân chuồng chỉ nên dùng để bón lót. Bón xong thì cần được vùi ngay xuống đất để tránh mất N. Bón phân ở đất có thành phần cơ giới nhẹ. Nếu bắt buộc dùng phân chuồng bón thúc thì phải dùng loại phân ủ hoai mục hoặc nước phân.