Điểm khác nhau trong cách sử dụng các loại phân vi sinh còn tùy thuộc vào loại phân vi sinh, ví dụ:
1. Phân vi sinh của Vi sinh vật cố định đạm: cách sử dụng
+ Tẩm phân vào hạt hoặc rễ trước khi gieo trồng. Sau khi tẩm hạt giống cần được gieo trồng và vùi vào đất ngay.
+ Bón trực tiếp vào đất
2. Phân bón vi sinh vật chuyển hóa và phân giải lân: Cách sử dụng
- Phải tẩm phân trong điều kiện đất đỏ Bazan, Đất đen
- Loại phân vi sinh này cần nhiều hơn so với các loại khác.