Khi thực dân Pháp chiếm Bắc Ninh tháng 3/1884, Hoàng Hoa Thám ra nhập nghĩa binh của Lương Văn Nắm tức Đề Nắm. Tháng 4/1892, Đề Nắm bị Đề Sặt sát hại, Hoàng Hoa Thám trở thành thủ lĩnh tối cao của phong trào Yên Thế.
Qua 10 năm chiến đấu với nghĩa quân Yên Thế từ năm 1884 – 1894, quân Pháp xâm lược phải gánh nhiều thiệt hại nặng nề. Tiêu biểu là các trận đánh ở Thung Lũng, Hố Chuối năm 1890 và Đồng Hom năm 1892.
Ngày 29/1/1909, Thống sứ Bắc Kỳ đã huy động 15.000 quân chính quy và khố xanh, 400 lính dõng là lực lượng lớn nhất lúc đó, do đại tá Ba Tay và đại thần Lê Hoan mở cuộc tổng tấn công vào căn cứ Yên Thế. Cuộc chiến đấu không cân sức này đã làm cho nghĩa quân tổn thất nặng nề.
Đến ngày 10/2/1913, Hoàng Hoa Thám bị giặc sát hại. Cuộc khởi nghĩa tuy bị dập tắt song đã để lại một trang sử hào hùng về truyền thống, chống giặc ngoại xâm của dân tộc ta, đóng góp nhiều kinh nghiệm quý vào kho tàng lịch sử quân sự Việt Nam. Đặc biệt là những nét độc đáo về chiến tranh du kích về xây dựng lực lượng, căn cứ làng xã chiến đấu liên hoàn trên một địa bàn rộng khắp.
