- Giai đoạn thứ 2: từ cuối năm 1888 đến năm 1896:
+ Tuy không còn sự lãnh đạo thống nhất của triều đình nhưng phong trào Cần vương vẫn tiếp phát triển và quy tụ thành những cuộc khởi nghĩa lớn, có trình độ tổ chức cao hơn và duy trì cuộc chiến đấu chống Pháp trong nhiều năm như cuộc khởi nghĩa Hùng Lĩnh do Tống Duy Tân lãnh đạo, cuộc khởi nghĩa Bãi Sậy do Nguyễn Thiện Thuật, cuộc khởi nghĩa Hương Khê do Phan Đình Phùng và Cao Thắng lãnh đạo.
+ Pháp tăng cường càn quét, nghĩa quân phải chuyển địa bàn hoạt động từ vùng đồng bằng lên vùng trung du và rừng núi.
+ Tuy nhiên, phong trào Cần vương trong giai đoạn này vẫn không khắc phục được tình trạng lẻ tẻ, địa phương thiếu sự liên kết và chỉ đạo thống nhất. Các cuộc khởi nghĩa lần lượt bị thất bại, năm 1896, phong trào Cần vương kết thúc.
