cuối tháng 3 năm 1520, đoàn thám hiểm thành lập một trạm nghỉ đông ở Cảng Saint Julian (ngày nay là Puerto San Julián). Đêm lễ Phục sinh, các thuyền trưởng người Tây Ban Nha trong hải đoàn đã nổi dậy chống lại chỉ huy người Bồ Đào Nha, nhưng Magellan đã dập tắt được cuộc nổi loạn, hành quyết một trong số những thuyền trưởng đó và để lại một người khi hải đoàn rời Saint Julian để tiếp tục cuộc hành trình vào tháng 8.
Ngày 21 tháng 10, cuối cùng Magellan cũng tìm được eo biển ông vẫn hằng tìm kiếm. Eo biển Magellen, được đặt theo tên ông, nằm gần mũi Nam Mỹ, phân tách Tierra del Fuego (Quần đảo Đất Lửa) với phần lục địa. Chỉ có ba con tàu tiếp tục hành trình; một đã bị đắm và một bị bỏ lại. Mất 38 ngày mới qua được eo biển đầy bất trắc, và Magellan đã bật khóc vì vui sướng khi nhìn thấy bờ bên kia đại dương. Ông là nhà thám hiểu người châu Âu đầu tiên đặt chân đến Thái Bình Dương từ Đại Tây Dương.
Mười ngày sau đó, họ thả neo xuống đảo Cebú của Philippines—chỉ cách Quần đảo Gia vị gần 650 cây số. Magellan đã gặp tù trưởng Cebú, người sau khi cải đạo sang Thiên
