Có nhiều các loại vi khuẩn khác nhau. Một cách phân loại chúng là theo hình dạng như : Hình cầu, hình que, hình xoắn, hình sợi, ...
VD:
- Vi khuẩn có hình cầu là : Cầu khuẩn, Staphylococcus epidermidis , ...
- Vi khuẩn có hình que là : bacillus,
- Vi khuẩn có hình xoắn là : pallidum, ...
- Vi khuẩn có hình sợi là : Filamentous bacteria, ...
- ...