Khánh Hòa là phần đất cũ của xứ Kauthara thuộc vương quốc Chăm Pa. Năm 1653, lấy cớ vua Chiêm Thành là Bà Tấm quấy nhiễu dân Việt ở Phú Yên, Chúa Nguyễn Phúc Tần sai quan cai cơ Hùng Lộc đem quân sang đánh chiếm được vùng đất Phan Rang trở ra đến Phú Yên. Năm 1831, Vua Minh Mạng thành lập tỉnh Khánh Hòa trên cơ sở trấn Bình Hòa. Sau lần hợp nhất vào năm 1975, đến năm 1989, Quốc hội lại chia tỉnh Phú Khánh thành hai tỉnh Phú Yên và Khánh Hòa cho đến ngày nay.
Các di chỉ đã phát hiện của nền văn hóa Xóm Cồn (Ba Ngòi, Cam Ranh) cho phép khẳng định nền văn hóa thời đại đồ sắt ở Khánh Hòa có niên đại khoảng gần 4000 năm và phát triển sớm hơn văn hóa Sa Huỳnh. Nằm trong địa bàn phân bố của văn hóa Sa Huỳnh, Khánh Hòa có nhiều di chỉ khảo cổ học về nền văn hóa này như: Diên Sơn, Bình Tân, Hòn Tre, Ninh Thân.
Vào đầu Công Nguyên, một bộ phận trong bộ tộc Cau (Kranukavamsa) - một trong hai bộ tộc lớn của người Chăm Pa thời bấy giờ - đã thành lập nên một tiểu quốc và được đặt tên là Tiểu quốc Nam Chăm (bia ký ghi là Panrăn hay Panduranga). Tiểu quốc này gồm hai xứ là Pan răn (khu vực ngày nay là Phan Rang, Phan Thiết) và Kauthara (khu vực Khánh Hòa ngày nay). Đối địch với Tiểu quốc Nam Chăm là Tiểu quốc Bắc Chăm ở khu vực thuộc Quảng Nam, Quảng Ngãi, Bình Định ngày nay.
Sau đó, trải qua nhiều thế kỷ nội chiến liên miên, vương quốc Chăm Pa được thành lập trên cơ sở sự thống nhất của hai xứ Nam Chăm và Bắc Chăm. Đến thế kỷ VIII, Nam Chăm chiếm ưu thế dẫn đến sự ra đời của Vương triều Panduranga (Hoàn Vương Quốc), vùng Kauthara từ đó phát triển đến mức cực thịnh với những khu đền tháp to lớn và linh thiêng mà tiêu biểu là ngôi đền Po Nagar thờ vị nữ thần mẹ xứ sở Yang Pô Y Na Gar. Đến nay, vẫn còn tồn tại nhiều bia ký ghi bằng tiếng Phạn và tiếng Chăm cổ rải rác trên khắp Khánh Hòa.
