Ngay từ sớm, Nguyễn Ánh đã phong vương, đặt quan lại cho những người theo phò tá mình. Sau khi đánh bại nhà Tây Sơn và trở thành hoàng đế Gia Long, ông lại tiếp tục kiện toàn lại hệ thống hành chính và quan chế của chính quyền mới.
Nhà Nguyễn về cơ bản vẫn giữ nguyên hệ thống quan chế và cơ cấu chính quyền trung ương giống như các triều đại trước đó. Đứng đầu Nhà nước là vua, nắm mọi quyền hành trong tay. Giúp vua giải quyết giấy tờ, văn thư và ghi chép có Thị thư viện (đến thời Minh Mạng thì đổi thành Văn thư phòng và năm 1829 thì lại đổi là Nội các). Về việc quân quốc trọng sự thì có 4 vị Điện Đại học sĩ gọi là Tứ trụ Đại thần, đến năm 1834 trở thành viện Cơ mật. Ngoài ra còn có Tông nhân phủ phụ trách các công việc của Hoàng gia.
Đặc biệt, để đề cao uy quyền nhà vua và ngăn chặn nạn quyền thần lấn át hoàng đế, vua Gia Long đã đặt ra lệ Tứ bất: Trong triều không lập Tể tướng, thi đình không lấy Trạng nguyên, trong cung không lập Hoàng hậu, không phong tước vương cho người ngoài họ vua.
Bên dưới, triều đình lập ra 6 Bộ, đứng đầu mỗi bộ là quan Thượng Thư chịu trách nhiệm chỉ đạo các công việc chung của Nhà nước:
Bộ Lại: coi việc khảo xét công trạng, thảo những tờ chiếu sắc...
Bộ Hộ: coi việc đinh điền thuế má, tiền bạc...
Bộ Lễ: coi việc tế tự, tôn phong, cách thức học hành thi cử...
Bộ Binh: coi việc binh lính...
Bộ Hình: coi việc pháp luật...
Bộ Công: coi việc làm cung điện, dinh thự...
Bên cạnh 6 Bộ còn có Đô sát viện (tức là Ngự sử đài bao gồm 6 khoa) chịu trách nhiệm thanh tra quan lại, Hàn lâm viện phụ trách các sắc dụ, công văn, 5 Tự phụ trách một số sự vụ, phủ Nội vụ coi sóc các kho tàng, Quốc tử giám phụ trách giáo dục, Thái y viện chịu trách nhiệm về việc chữa bệnh và thuốc thang,... cùng với một số Ti và Cục khác.
Theo tổ chức của nhà Nguyễn, khi có việc gì quan trọng, thì vua giao cho đình thần các quan cùng nhau bàn xét. Quan lại bất kỳ lớn bé đều được đem ý kiến của mình mà trình bày. Việc gì đã quyết định, đem dâng lên để vua chuẩn y, rồi mới thi hành. Hoàng đế tuy có quyền lớn nhưng lại không được làm điều gì trái phép thường. Khi vua có làm điều gì sai thì các quan Giám Sát Ngự Sử có quyền can ngăn vua và thường là vua phải nghe lời can ngăn của những người này.
Quan chức của triều đình chỉ phân ra tới phủ huyện, từ tổng trở xuống thuộc về quyền tự trị của dân. Người dân tự lựa chọn lấy người của mình mà cử ra quản trị mọi việc tại đia phương. Tổng gồm có vài làng hay xã, có một cai tổng và một phó tổng do Hội đồng Kỳ dịch của các làng cử ra quản lý thuế khóa, đê điều và trị an trong tổng.
Ngạch quan lại chia làm 2 ngành văn và võ. Kể từ thời vua Minh Mạng được xác định rõ rệt giai chế phẩm trật từ cửu phẩm tới nhất phẩm, mỗi phẩm chia ra chánh và tòng 2 bậc. Trừ khi chiến tranh loạn lạc còn bình thường quan võ phải dưới quan văn cùng phẩm với mình. Quan Tổng đốc (văn) vừa cai trị tỉnh vừa chỉ huy quân lính của tỉnh nhà.
Lương bổng của các quan tương đối ít nhưng quan lại được hưởng nhiều quyền lợi, cha họ được khỏi đi lính, làm sưu và miễn thuế tùy theo quan văn hay võ, hàm cao hay thấp. Ngoài ra con cái các quan còn được hưởng lệ tập ấm.