Trong giai đoạn 2006 - 2012, Viện đã được công nhận 391 giống cây trồng mới (trong đó, 121 giống công nhận chính thức, 270 giống công nhận tạm thời); 19 kỹ thuật tiến bộ và 27 biện pháp kỹ thuật khác được công nhận thử nghiệm trong hầu hết các lĩnh vực.
Ở phía Bắc, thành tựu nổi bật nhất là chọn tạo thành công và phát triển trên diện rộng bộ giống lúa ngắn ngày và lúa thơm năng suất cao, chất lượng gạo cao hơn so với giống lúa thuần Trung Quốc. Một số giống nổi bật là AC5, PC6, HT6, SH14.... Ước tính diện tích giống mới của Viện được sản xuất ở các tỉnh phía Bắc chiếm khoảng 750 - 800 ngàn ha/năm. Xét về hiệu quả kinh tế, chỉ tính giống mới cho năng suất tăng 10% thì diện tích trên đã làm tăng thêm khoảng 350 ngàn tấn thóc, tương đương 1,2 ngàn tỷ đồng/năm.
Ở phía Nam, kết quả điều tra của Trung tâm Khảo Kiểm nghiệm Giống, Sản phẩm cây trồng và Phân bón Quốc gia (2008) cho thấy diện tích sử dụng giống lúa do Viện Lúa Đồng bằng sông Cửu Long và Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp Miền Nam chọn tạo đã đạt trên 2,4 triệu ha, chiếm 34,9% diện tích gieo trồng cả nước hay 80% diện tích lúa vùng Đồng bằng sông Cửu Long. Với 2,4 triệu ha, giống mới cho năng suất tăng 10%, sản lượng sẽ tăng thêm 1,2 triệu tấn thóc/năm thì đã làm lợi khoảng 4.200 tỷ đồng/năm. Giống lúa của Viện còn được trồng phổ biến ở Duyên hải Miền Trung và Tây Nguyên với tổng diện tích gieo gần 100 ngàn ha chiếm 37,7%; ở vùng Đông Nam Bộ trên diện tích 221 ngàn ha, chiếm 45,4%.
