Nguyên nhân gây ra sự suy giảm đa dạng sinh vật ở Việt Nam có thể phân biệt bởi 4 nhóm nguyên nhân cơ bản sau: - Sự suy giảm và sự mất đi nơi sinh cư. Sự suy giảm và sự mất đi nơi sinh cư có thể do các hoạt động của con người như sự chặt phá rừng (kể cả rừng ngập mặn), đốt rừng làm rẫy, chuyển đổi đất sử dụng, khai thác huỷ diệt thuỷ sản..., các yếu tố tự nhiên như động đất, cháy rừng tự nhiên, bão, lốc, dịch bệnh, sâu bệnh. - Sự khai thác quá mức. Do áp lực tăng dân số, sự nghèo khổ đã thúc đẩy sự khai thác quá mức tài nguyên sinh vật và làm giảm ĐDSH. Đáng kể là tài nguyên thuỷ sản ven bờ bị suy kiệt nhanh chóng. Mặt khác, một số phương thức khai thác có tính huỷ diệt nguồn lợi thuỷ sản như nổ mìn, hoá chất đang được sử dụng, đặc biệt các vùng ven biển. - Ô nhiễm môi trường. Một số HST ĐNN bị ô nhiễm bởi các chất thải công nghiệp, chất thải từ khai khoáng, phân bón trong nông nghiệp, thậm chí chất thải đô thị. Trong đó đáng lưu ý là tình trạng ô nhiễm dầu đang diễn ra tại các vùng nước cửa sông ven bờ, nơi có hoạt động tầu thuyền lớn. - Ô nhiễm sinh học. Sự nhập các loài ngoại lai không kiểm soát được, có thể gây ảnh hưởng trực tiếp qua sự cạnh tranh, sự ăn mồi hoặc gián tiếp qua ký sinh trùng, xói mòn nguồn gen bản địa và thay đổi nơi sinh cư với các loài bản địa.
