Trùng roi được xếp vào ngành động vật nguyên sinh vì tập đoàn trùng roi dù có nhiều tế bào nhưng vẫn chỉ là một nhóm động vật đơn bào vì mỗi tế bào vẫn vận động và dinh dưỡng độc lập.
Bởi vì cơ thể trùng roi có kích thước hiển vi, cơ thể có 1 tế bảo nhưng đảo nhận mọi chức năng sống, dị dưỡng, sinh sản vô tính bằng hình thức phân đôi, di chuyển bằng roi nên chúng được xếp vàn nóm đvns
