khi ở trong ruột, giun kim có thể gây những tổn thương kích thích niêm mạc ruột, làm rối loạn tiêu hóa hoặc gây tình trạng viêm ruột mạn tính, có thể gây nổi mẩn dị ứng, nếu giun kim chùi vào ruột thừa có thể gây viêm ruột thừa, đôi khi giun kim chui sang bộ phận sinh dục (nhất là trẻ em nữ) gây viêm sinh dục, âm hộ, âm đạo, rối loạn tiểu tiện và thậm chí rối loạn kinh nguyệt;
Nhiễm trùng thứ phát do vi khuẩn ở vùng da quanh hậu môn do trẻ ngứa, khó chịu đưa tay vào gãi gây trầy, xướt, loét;