Nhìn chung, sự mất mát và sự suy giảm đa dạng sinh vật ở Việt Nam có thể phân biệt bởi 4 nhóm nguyên nhân cơ bản sau:

- Sự suy giảm và sự mất đi nơi sinh cư. Sự suy giảm và sự mất đi nơi sinh cư có thể do các hoạt động của con người như sự chặt phá rừng (kể cả rừng ngập mặn), đốt rừng làm rẫy, chuyển đổi đất sử dụng, khai thác huỷ diệt thuỷ sản..., các yếu tố tự nhiên như động đất, cháy rừng tự nhiên, bão, lốc, dịch bệnh, sâu bệnh.

- Sự khai thác quá mức. Do áp lực tăng dân số, sự nghèo khổ đã thúc đẩy sự khai thác quá mức tài nguyên sinh vật và làm giảm ĐDSH. Đáng kể là tài nguyên thuỷ sản ven bờ bị suy kiệt nhanh chóng. Mặt khác, một số phương thức khai thác có tính huỷ diệt nguồn lợi thuỷ sản như nổ mìn, hoá chất đang được sử dụng, đặc biệt các vùng ven biển.

- Ô nhiễm môi trường. Một số HST ĐNN bị ô nhiễm bởi các chất thải công nghiệp, chất thải từ khai khoáng, phân bón trong nông nghiệp, thậm chí chất thải đô thị. Trong đó đáng lưu ý là tình trạng ô nhiễm dầu đang diễn ra tại các vùng nước cửa sông ven bờ, nơi có hoạt động tầu thuyền lớn.

- Ô nhiễm sinh học. Sự nhập các loài ngoại lai không kiểm soát được, có thể gây ảnh hưởng trực tiếp qua sự cạnh tranh, sự ăn mồi hoặc gián tiếp qua ký sinh trùng, xói mòn nguồn gen bản địa và thay đổi nơi sinh cư với các loài bản địa.

a. Nguyên nhân trực tiếp

Khai thác, sử dụng không bền vững tài nguyên sinh vật:

- Khai thác gỗ: Trong giai đoạn từ 1986-1991, các lâm trường quốc doanh đã khai thác trung bình 3,5 triệu mét khối gỗ mỗi năm. Thêm vào đó, khoảng 1-2 triệu m3 gỗ được khai thác ngoài kế hoạch. Số gỗ này nếu qui ra diện tích thì mỗi năm bị mất đi khoảng 80.000 ha rừng. Ngoài ra,, nạn chặt gỗ trái phép thường xảy ra ở khắp nơi, kể cả ở các trong các khu rừng bảo vệ. Hậu quả là rừng có chất lượng bị cạn kiệt nhanh chóng.

- Khai thác củi: Theo thống kê, trong phạm vi toàn quốc, hàng năm một lượng củi khoảng 21 triệu tấn được khai thác từ rừng phục vụ cho nhu cầu sử dụng trong gia đình. Lượng củi này nhiều gấp 6 lần lượng gỗ xuất khẩu hàng năm (Phạm Bình Quyền và nnk, 1999).

Như vậy, có thể thấy sự khai thác gỗ, củi mà không có kế hoạch trồng mới bù đắp cả về số lượng diện tích cũng như chất lượng rừng với tính chất rừng nhiệt đới nhiều tầng thì diện tích rừng bị suy giảm không chỉ về diện tích mà còn bị suy thoái về chất lượng. Đây là nguyên nhân cơ bản tác động tới ĐDSH, đặc biệt với quần xã động vật có xương sống hoang dã ở các sinh cảnh rừng

- Khai thác động vật hoang dại: đồng thời với nạn phá rừng, nạn săn bắn cũng gây nên tình trạng suy giảm ĐDSH. Theo điều tra, năm 1995 toàn quốc có tới 39.671 khẩu súng các loại hiện đang sử dụng để săn bắn chim thú, bình quân mỗi thôn bản có 12 khẩu (Đỗ Tước, 1997). Với số lượng người đi săn với những thứ vũ khí kể trên chưa kể đến các loại bẫy thường dùng như: bẫy treo, bẫy kẹp, bẫy thòng lọng, bẫy sập, bẫy lồng, lưới...nên số lượng cá thể động vật rừng bị săn bắt khá cao. Chỉ kể 18 loài động vật thuộc diện quí hiếm đã ghi trong sách đỏ Việt Nam, từ năm 1991-1995, đã có tới 8.964 cá thể bị săn bắt, bình quân hàng năm có tới 1.743 cá thể động vật quí hiếm bị săn bắt (Đỗ Tước, 1997).