Dưới tác động của biến đổi khí hậu, ở ĐBSCL, ước tính hàng trăm ngàn hecta đất bị ngập, hàng triệu người có thể bị mất nhà cửa nếu nước biển dâng cao. Sản lượng lương thực có nguy cơ giảm sút lớn, đe doạ tới an ninh lương thực của quốc gia. Diện tích canh tác nông nghiệp sử dụng nguồn nước ngọt như lúa, màu, cây ăn trái và nuôi trồng thủy sản sẽ bị thu hẹp, năng suất và sản lượng sẽ suy giảm. Cá nước ngọt dự kiến sẽ suy giảm vì diện tích đất đồng bằng và dòng sông nhiễm mặn gia tăng. Ngược lại, cá nước mặn, lợ sẽ phát triển. Diện tích nuôi tôm, sò và hải sản khác có thể sẽ gia tăng trong tương lai. Các vùng tài nguyên rừng, đất, nước, sinh vật hoang dã, khoáng sản (than bùn, cát đá xây dựng...) sẽ bị xâm lấn. Nông dân, ngư dân, diêm dân và thị dân nghèo sẽ là đối tượng chịu nhiều tổn thương nặng nề do thiếu nguồn dinh dưỡng, thiếu khả năng tài chính, thiếu điều kiện tiếp cận thông tin để có thể đối phó kịp thời với sự thay đổi của thời tiết và khí hậu. Dự kiến sẽ có sự dịch chuyển dòng di cư của nông dân ở các vùng ven biển bị tác động nặng nề do biến đổi khí hậu và nước biển dâng lên các đô thị vùng phía bắc và phía tây (như Châu Đốc, Long Xuyên, Cần Thơ, Vĩnh Long, Mỹ Tho, Tân An...). Điều này khiến các quy hoạch đô thị bị phá vỡ, trật tự xã hội sẽ là một thử thách, môi trường đô thị sẽ bị xấu đi do sự gia tăng cơ học về dân số. Thực tế cho thấy, mùa khô năm 2016, mặn đã xâm nhập sâu đến 90 km vào các tỉnh/thành ven biển ở ĐBSCL, với diện tích khoảng 300.000 ha. Nếu tình trạng hạn - mặn tiếp tục diễn ra như năm 2016 thì diện tích các vùng trồng lúa sẽ bị ảnh hưởng rất lớn, làm giảm năng suất và sản lượng. Như vậy, việc chọn tạo và sử dụng các loại giống lúa chịu mặn là khả năng phải nghĩ tới trong hiện tại và tương lai.

Ngoài các yếu tố ảnh hưởng như nêu trên đối với cây lúa, nuôi trồng thủy sản…, khi mực nước biển dâng còn làm hệ thống đê biển hiện tại có nguy cơ tràn và vỡ ngay cả khi không có các trận bão lớn. Ngoài ra, do mực nước biển dâng cao làm chế độ dòng chảy ven bờ thay đổi sẽ gây xói lở bờ. Đối với hệ thống đê sông, đê bao và bờ bao, mực nước biển dâng cao làm cho khả năng tiêu thoát nước ra biển giảm, kéo theo mực nước các con sông dâng lên, kết hợp với sự gia tăng dòng chảy lũ từ thượng nguồn sẽ làm cho đỉnh lũ tăng thêm, uy hiếp sự an toàn của các tuyến đê sông ở các tỉnh phía bắc, đê bao và bờ bao ở các tỉnh phía nam. Biến đổi khí hậu cũng làm thay đổi điều kiện sinh sống của các loài sinh vật, dẫn đến tình trạng biến mất của một số loài và ngược lại xuất hiện nguy cơ gia tăng các loại “thiên địch”. Trong thời gian 2 năm trở lại đây, dịch rầy nâu, vàng lùn, lùn xoắn lá ở ĐBSCL diễn biến ngày càng phức tạp, ảnh hưởng đến khả năng thâm canh, tăng vụ và làm giảm sản lượng lúa. Biến đổi khí hậu có thể tác động đến thời vụ canh tác lúa, làm thay đổi cấu trúc mùa vụ, quy hoạch vùng, kỹ thuật tưới tiêu, sâu bệnh, năng suất, sản lượng