Nguyên nhân gây ô nhiễm nguồn nước là:
Nguyên nhân đầu tiên là do con người:Ô nhiễm nguồn nước do con người là nguy cơ trực tiếp gây ra nhiều vấn đề sức khỏe và cuộc sống con người, trong đó đáng kể là chất thải con người (phân, nước, rác), chất thải nhà máy và khu chế xuất và việc khai thác các khoáng sản, mỏ dầu khí.
Ngoài ra chất thải khu chăn nuôi gia súc, gia cầm, thủy sản, chất thải khu giết mổ, chế biến thực phẩm; và họat động lưu thông với khí thải và các chất thải hóa chất cặn sau sử dụng.
Cuối cùng và cũng là nguy hiểm nhất là chất thải phóng xạ.
NGUYÊN NHÂN DO TỰ NHIÊNÔ nhiễm do tự nhiên là do sự bào mòn hay sự sụt lở núi đồi, đất ven bờ sông làm dòng nuớc cuốn theo các chất cơ học như bùn, đất, cát, chất mùn… hoặc do sự phun trào của núi lửa làm bụi khói bốc lên cao theo nước mua rơi xuống đất, hoặc do triều cường nước biển dâng cao vào sâu gây ô nhiễm các dòng sông, hoặc sự hòa tan nhiều chất muối khoáng có nồng độ quá cao, trong đó có chất gây ung thư như Arsen, Fluor và các chất kim loại nặng…
Điều đáng nói là tự nhiên vốn có sự cân bằng, nước bị ô nhiễm do tự nhiên sẽ được quá trình tuần hoàn và thời gian trả lại nguyên vẹn, tuy nhiên với con người thì khác, đó là một gánh nặng thêm với tự nhiên, khi dân số tăng quá nhanh và việc sử dụng nước sạch không hợp lý, không giữ vệ sinh môi trường sẽ phá vỡ cấu trúc tự nhiên vốn có.