Thành ống tiêu hóa có cấu tạo như sau :

1. Lớp niêm mạc ( tunica mucosa ) lót ở mặt trong của ống tiêu hóa

Ở mỗi phần của ống , thượng mô có hình dạng khác nhau . Ở miệng , thượng mô có nhiều tầng . Ở dạ dày và ruột là thượng mô có một tầng . Hình thái của các tế bào thượng mô cũng khác nhau . Ở ổ miệng là thượng mô dẹt , ở ruột non là thượng mô trụ để thích ứng với các chức năng tương ứng .

2. Tấm dưới niêm mạc ( tele submucosa ) là tổ chức liên kết xơ , trong đó có các mạch máu , các sợi thần kinh và các mạch bạch huyết .

Giữa lớp niêm mạc và tấm dưới niêm mạc là một lớp mỏng các sợi cơ trơn tạo thành mảnh cơ niêm mạc ( lamina muscularis mucosae ) . Khi co rút , cơ niêm mạc có thể làm cho lớp niêm mạc gấp lại thành các nếp .

Trong các tế bào thượng mô của niêm mạc còn có thượng mô biệt hóa thành các tuyến tiết ra dịch tiêu hóa đổ vào lòng ruột qua các ống tiết . Có các tuyến đơn giản là tuyến một tế bào , có các tuyến phức tạp hơn gồm có nhiều tế bào hoặc có phân nhánh thành nhiều ống tuyến .

Các đám tổ chức lympho nằm trong lớp niêm mạc gồm một tổ chức lưới mà trong các mắt lưới có tế bào lympho sinh sản tại chỗ . Ở một số nơi , tổ chức này hợp thành các hạch gọi là nang thường nằm trong tấm dưới niêm mạc , hoặc các nang tụ lại thành đám gọi là mảng tổ chức lympho ( có nhiều ở hồi tràng )

3. Lớp cơ trơn ( tunica muscularis ) chia thành hai tầng , tầng ngoài gồm các sợi cơ dọc và tầng trong là các sợi cơ vòng . Trong phần trên của thực quản có các sợi cơ vân phù hợp với chức năng co thắt thật nhanh ở phần trên của thực quản khi nuốt . Từ dạ dày đến ruột non , tầng cơ vòng và cơ trơn là một lớp liên tục . Ở ruột già , các sợi cơ dọc tập trung thành ba dải có thể nhìn thấy khi quan sát đại thể . Ngoài ra , trong dạ dày còn có lớp cơ trơn thứ ba là lớp cơ chéo .

4. Tấm dưới thanh mạc (tela subserosa):

Là tổ chức liên kết thưa nằm giữa lớp cơ bên trong và lớp thanh mạc bên ngoài. Nhờ lớp này mà có thể bóc thanh mạc dễ dàng ra khỏi các cấu trúc bên dưới.

5. Lớp thanh mạc (tunica serosa):

Tạo bởi thượng mô dẹt của phúc mạc. Mặt tự do của thanh mạc có chất thanh dịch làm cho các tạng trượt lên nhau dễ dàng. Thanh mạc có hai phần: lá phủ thành ổ bụng gọi là phúc mạc thành, lá phủ các tạng gọi là phúc mạc tạng.