Cơ thể trùng roi xanh là một tế bào có kích thước hiến vi (= 0,05mm). Cơ thể hình thoi, đuôi nhọn, đầu tù và có 1 roi dài. Roi xoáy vào nước giúp cơ thể di chuyến.
* Trùng giày :
Phần giữa cơ thể là bộ nhân gồm : nhân lớn và nhân nhỏ. Nửa trước và nửa sau đều có 1 không bào co bóp hình hoa thị, ở vị trí cố định. Chỗ lõm của cơ rãnh miệng, cuối rãnh miệng có lỗ miệng và hầu . Trùng giày di chuyên vừa tiến vừa xoay nhờ các lông bơi rung động theo kiểu làn sóng và mọc theo vòng xoắn quanh cơ thể.