Bình thường lizoxom chứa enzim ben trong nó, tuy nhiên các enzim này được duy trì ở trạng thái bất hoạt bằng cách chúng giữ trong môi trường axit có độ pH từ 3-4, trong khi các loại enzim này chỉ hoạt động trong môi trường trung tính thôi. Như vậy,bình thường thì các enzim sẽ không có khả năng tiêu hủy chính bản thân của lizoxom, mà chúng ngoan ngoãn nằm bên trong túi. Ngoài ra cùng cơ chế bảo vệ của dạ dày, bản thân của túi lizoxom cũng có một lớp nhầy giúp cho các enzim không tiếp xúc trực tiếp với màng túi. Với cơ chế đó thì enzim không tiêu hủy chính mình.
Trong quá trình tiêu hóa nội bào, khi lizoxom kết hợp với bóng nhập bào hoặc các tế bào già, tế bào tổn thương tạo thành không bào tiêu hóa bên trong tế bào, độ pH của nó sẽ tăng lên đến mức mà các enzim có thể hoạt động và thực hiện quá trình tiêu hóa.
Trong những trường hợp đặc biệt, như khi cơ thể bị bệnh liên quan đến lizoxom, gen tổng hợp lizoxom hay tổn thương trung tâm điều khiển tế bào, thì các lizoxom không có khả năng tự kiễm soát được mình, bên trong túi không còn được duy trì độ pH axit, khi này các enzim sẽ hoạt động như khi tiêu hóa nội bào,và khi đó sẽ tự tiêu hủy chính nó, ngoài ra nếu ảnh hưởng lớn chúng sẽ tiêu hủy luôn các bào quan bên trong tế bào, khi đó cơ thể sẽ mắc bệnh về lizoxom, bệnh này rất nghiêm trọng tuy nhiên rất hiếm gặp.
Như vậy lizoxom chỉ tự tiêu trong một vài trường hợp nhất định, khi ở trạng thái bình thường thì không.