Bộ xương thằn lằn có 3 phần:
- Xương đầu
- Xương thân. Cột sống dài, có 8 đốt sống cổ, có các xương sườn tạo thành lồng ngực
- Xương chi gồm xương đai và các xương chi
Bộ xương thằn lằn tiến hóa hơn ở ếch đồng và phù hợp với sống trên cạn
- Có các xương sườn tạo lồng ngực giúp thằn lằn hô hấp
- Số lượng đốt sống cổ lớn hơn (8 đốt thay vì 1 đốt ở ếch)
- Cột sống dài, có đốt sống đuôi dài phù hợp di chuyển trên cạn
- Đai chi trước khớp với cột sống khiến chi trước cử động linh hoạt