Những nguyên nhân chủ yếu dẫn đến sự giảm sút độ đa dạng sinh học là:
- Nạn phá rừng, khai thác gỗ và các lâm sản khác, du canh, di dân khai hoang, nuôi trồng thủy sản, xây dựng đô thị, làm mất môi trường sống của động vật.
- Sự săn bắt, buôn bán động vật hoang dã cộng với việc sử dụng tràn lan thuốc trừ sâu, việc thải các chất thải của các nhà máy, đặc biệt là khai thác dầu khí hoặc giao thông trên biển. Do vậy, đế bảo vệ đa dạng sinh học cần có biện pháp cấm đốt, phá, khai thác rừng bừa bãi, cấm săn bắt buôn bán động vật, đẩy mạnh các biện pháp chống ô nhiễm môi trường.
