Thân bọ cạp chia làm hai phần: phần đầu ngực (đốt thân trước) và phần bụng (vùng thân sau). Phần bụng bao gồm phần bụng dưới và đuôi.
Phần đầu ngực/Đốt thân trước: bao gồm lớp giáp, mắt, chân kìm (một phần của miệng), chân kìm sờ và 8 chân.
Phần bụng dưới: chia làm 8 đoạn. Đoạn đầu tiên chứa cơ quan sinh dục và dấu vết của một bộ phận phụ nay đã bị tiêu giảm gọi là nắp sinh dục. Đoạn thứ hai là 1 cặp cơ quan cảm giác giống như chất Pectine. Bốn đoạn còn lại bao gồm hai lá phổi. Phần bụng dưới được bọc giáp bằng chất sừng.
Phần đuôi: gồm 6 đốt (đốt đầu tiên như đốt bụng cuối cùng). Hậu môn của bọ cạp nằm ở đốt cuối cùng, đồng thời đốt này mang nọc độc. Đốt cuối lần lượt gồm một túi chứa, một cặp tuyến độc và một mũi tiêm nọc độc.
Giáp: bao quanh cơ thể, một số chỗ có lông làm cơ quan cân bằng. Một lớp phủ ngoài giáp vốn trong suốt sẽ biến thành màu xanh lục huỳnh quang dưới tia tử ngoại. Những con bọ cạp mới lột xác sẽ không phát sáng cho tới khi lớp giáp nó cứng cáp. Lớp phủ đó có thể không bị sứt mẻ trong hóa thạch suốt hàng trăm triệu năm.
Trong một số trường hợp hiếm hoi, bọ cạp sinh ra có thể có hai đuôi. Nó không phải là một loài mới mà chỉ là một sự bất thường trong di truyền học.
