Hiện tượng thoái hóa giao phối cận huyết trong nhiều thế hệ (ví dụ: bố mẹ với con cái, anh chị em trong cùng thế hệ) tỉ lệ thể đồng hợp tăng dần, tỉ lệ thể dị hợp giảm dần, tạo ra các cặp gen lặn đồng hợp gây hại. Bình thường, các gen lặn này ở trạng thái dị hợp nên không biểu hiện ra kiểu hình. Khi giao phối gần xảy ra, các gen này có cơ hội biểu hiện ra kiểu hình, làm cho đời con giảm cả về sức sinh sản, sức sống do có nhiều cặp gen đồng hợp lặn gây hại đã được biểu hiện thành kiểu hình.
