Sản lượng đánh bắt hải sản năm 2006 đã hơn 624.000 tấn, trong đó sản lượng cá chiếm 420.000 tấn.
Vùng có nhiều vũng, vịnh, đầm phá... có lợi cho việc nuôi trồng thủy sản. Nuôi tôm hùm, tôm sú đang phát triển mạnh, nhất là ở Phú Yên và Khánh Hòa.
Tương lai ngành thủy hải sản sẽ giải quyết được vấn đề lương thực của vùng và cung cấp được nhiều sản phẩm giúp chuyển dịch cơ cấu nông thôn ven biển.
Tuy nhiên, việc khai thác hợp lý và bảo vệ nguồn lợi thủy sản (nhất là Hoàng Sa - Trường Sa) là rất cấp bách.
