Dựa vào đặc điểm hình thành, người ta chia thành 2 nhóm:
*Hệ sinh thái tự nhiên:
- Hệ sinh thái trên cạn:
Rừng mưa nhiệt đới, xavan cây bụi, sa mạc, đồng cỏ, đồng rêu hàn đới,....
- Hệ sinh thái dưới nước:
+Hệ sinh thái nước mặn, nước lợ: rạn san hô, rừng ngập mặn, hệ sinh thái vùng khơi,..
+Hệ sinh thái nước ngọt:
Hệ sinh thái nước đứng: Ao, hồ, đầm lầy,..
Hệ sinh thái nước chảy: sông, suối
*Hệ sinh thái nhân tạo:
hệ sinh thái nông nghiệp, ruộng lúa, rừng trồng, ao hồ nuôi tôm, cá,....
