Vũ Văn Nhậm vốn là tướng của chúa Nguyễn, bị quân Tây Sơn bắt được năm 1786 ở Gia Định. Nhậm xin hàng và được Nguyễn Nhạc mến tài, gả con gái và phong chức tước. Khi Nguyễn Huệ đánh Phú Xuân, Nhậm được Nguyễn Nhạc cử đi theo; sau đó Nhậm theo luôn Nguyễn Huệ ra Bắc và được Huệ cho ở lại cùng với Nguyễn Văn Duệ giữ đất Nghệ An.
Trong cuộc xung đột giữa Nhạc và Huệ, tuy bề ngoài Nhậm tỏ vẻ trung lập, nhưng trong lòng vẫn nuôi một mưu đồ. Sau khi diệt xong Nguyễn Hữu Chỉnh, Vũ Văn Nhậm thấy đã đến lúc thực hiện mưu đồ đó: gây dựng riêng cho mình một giang sơn! Càng ngày Nhậm càng hống hách với kẻ dưới quyền, tự ý lập Lê Duy Cẩn làm giám quốc, thực tế chỉ là bù nhìn. Ý đồ đen tối của Nhậm không lọt qua mắt của Ngô Văn Sở và Phan Văn Lân, những tướng tin cậy của Nguyễn Huệ(9).
Ngô Văn Sở dò ý Nhậm: “Tôi xem mặt mũi Sùng Nhượng công (tức Lê Duy Cẩn) như thế thì sai khiến được ai. Từ xưa đến nay, thiên hạ không phải là vật riêng của nhà nào. Nếu có thể lấy được thì nên lấy đi, cần gì phải mượn một anh bơ vơ trông nom việc nước để làm bù nhìn”. Nhậm nói: “Lòng người Bắc hà còn nhớ nhà Lê, không thể không tạm theo nguyện vọng của mọi người. Các ông chỉ cần biết đánh khoẻ mà thôi, còn việc đó tôi đã có chủ ý”. Ngô Văn Sở im lặng, sau đó nói với Phan Văn Lân: “Tiết chế (tức Nhậm – được Nguyễn Huệ cho giữ chức tiết chế khi ra diệt Chỉnh) khinh người quá lắm. Hắn có tài đức gì mà dám coi ta như bọn lính. Xem từ khi vào thành đến giờ, hắn đã làm được những việc gì? Hắn bắt dân đào hào đắp lũy và phò Lê Duy Cẩn làm giám quốc, đều là sắp sẵn cái mưu làm phản để tranh giành với ta. Hắn không biết lấy giặc Chỉnh làm gương, lại còn định bắt chước, thì cho hắn theo Chỉnh để răn kẻ khác”. Sau đó Ngô Văn Sở gửi mật thư kể hết hành vi của Nhậm cho Nguyễn Huệ biết.
Được thư của Ngô Văn Sở, Nguyễn Huệ vội vàng đem quân đi gấp ngày đêm ra đến Thăng Long giữa canh tư, vào thẳng dinh của Vũ Văn Nhậm, sai võ sĩ giết chết ngay tại chỗ (5-1788). Sau đó, Nguyễn Huệ cử Ngô Văn Sở lên thay Nhậm và vẫn để Lê Duy Cẩn làm giám quốc, nhưng thực ra chỉ là “viên đề lại trông coi việc nước” như người ta thường nói.
Nhiều quan lại, sĩ phu tiến bộ ở Bắc hà như Ngô Thì Nhậm, Phan Huy Ích, nguyễn Thế Lịch, Vũ Huy Tấn v.v… được Nguyễn Huệ trọng dụng, phong cho chưc tước mới. Sau khi giao công việc cho Ngô Văn Sở ở Bắc hà, Nguyễn Huệ lại rút quân về Phú Xuân. Từ đó, Bắc hà được sáp nhập hẳn vào vùng đất cai quản của Nguyễn Huệ.
Trước đây, khi Vũ Văn Nhậm ra chiếm Thăng Long, bè lũ Lê Chiêu Thống trốn sang Kinh Bắc, định nương nhờ trấn thủ Nguyễn Cảnh Thước, nhưng bị Thước “đóng cửa thành, cáo bệnh không ra đón tiếp”, lại còn tung thủ hạ chặn đường cướp bóc những kẻ đi theo vua, đuổi theo tước áo bào của vua, “vua rơi nước mắt phải cởi áo trao cho chúng”.
Sau khi Chỉnh bị bắt, Chiêu Thống tìm đến sống nhờ bọn thổ hào đang chiêu mộ “quân cần vương” ở vùng Hải Dương. Nhưng quân Tây Sơn do Ngô Văn Sở chỉ huy đã đánh tan những đám quân “cần vương” yếu ớt này. Lê Chiêu Thống lại trốn chạy vào Sơn Nam, Thanh Hóa, rồi lại trở ra Kinh Bắc ẩn náu ở vùng Từ Sơn, Phượng Nhãn.
Trong bước đường cùng, Chiêu Thống sai bọn Lê Duy Đản và Trần Danh Án sang cầu cứu nhà Thanh, mưu đồ dựa vào quân cướp nước để bảo vệ quyền lợi của một dòng họ đã mục ruỗng đến tột độ. Trước đó, khi rời khỏi thành Thăng Long, Chiêu Thống đã sai bọn Lê Quýnh đưa mẹ và con lên Cao Bằng rồi vượt biên giới trốn sang Quảng Tây cầu xin quan lại nhà Thanh che chở.
