Trùng roi sống trong nước: ao, hồ, đầm, ruộng, vũng nước mưa. Lớp Trùng roi (Flagellata) bao gồm trùng roi xanh,tập đoàn trùng roi cùng khoảng hơn 8 nghìn loài động vật nguyên sinh nguyên thủy khác sống trong nước ngọt, nướcbiển, đất ẩm,..., một số sống kí sinh, có các đặc điểm chung sau: di chuyển nhờ roi (một hay nhiều roi), vừa tự dưỡngvừa dị dưỡng (ở các trùng roi thực vật) hoặc chỉ dị dưỡng (ở các trùng roi động vật), hô hấp qua màng cơ thể, đường lấy thức ăn ổn định nhưng đường tiêu hóa thức ăn không ổn định, bài tiết và điều chỉnh áp suất thẩm thấu nhờ không bào co bóp, sinh sản vô tính theo cách phân đôi. Lớp Trùng roi có vai trò rất quan trọng trong thiên nhiên và đối vớicon người. Về mặt có lợi, chúng chỉ thị về độ sạch của môi trường nước, là thức ăn của một số động vật thủy sinh,... Một số trùng roi kí sinh gây hại không nhỏ cho con người (truyền các bệnh nguy hiểm như trùng roi âm đạo, bệnh ngủ châu Phi ở con người,...).
Trùng biến hình trần hay trùng biến hình amip, trùng chân giả trần là đại diện tiêu biểu của trùng biến hình. Chúng sống ở mặt bùn của các ao tù hay các hồ nước lặng. Nhiều khi, chúng nổi lẫn vào lớp váng ở ao, hồ.
Trùng đế giày (trùng giày) là đại diện của lớp Trùng cỏ. Tế bào trùng đế giày đã phân hóa thành nhiều bộ phận. Mỗi bộ phận đảm nhận một chức năng sống nhất định. Trùng giày được con người biết đến trước tiên trong thế giới động vật đơn bào.