Về dòng chảy mùa khô, do việc điều tiết và vận hành thủy điện làm dòng chảy thay đổi trái quy luật, gây ảnh hưởng rất lớn đến việc chủ động sản xuất của người dân. Số năm dòng chảy xuống thấp ngay từ đầu mùa khô có thể tăng gấp 4 lần so với hiện nay và số năm dòng chảy xuống thấp ở đầu mùa mưa tăng gấp 2 lần so với hiện nay sẽ làm mặn đến sớm và rút muộn và mặn bất thường, ảnh hưởng đến việc sản xuất của cả 2 vụ lúa chính đông - xuân và hè - thu.
Điều này làm gia tăng xói lở trên đồng bằng và các vùng cửa sông ven biển cũng như chất lượng đất canh tác. Hậu quả là ĐBSCL có nguy cơ mất đi 7,6 triệu tấn lúa/năm, tương đương với hơn 40% tổng sản lượng lúa của cả vùng, năng suất lúa xuân giảm 405,8 kg/ha vào năm 2030 và 716,6 kg/ha vào năm 2050.
Hạn, mặn dẫn đến lúa không đủ nước ngọt, thời vụ cũ sẽ có khó khăn do những sự thay đổi bất thường của thời tiết, khí hậu. Điều này thể hiện rõ nhấ́t khi 17.000 ha lúa đông xuân 2016 - 2017 bị bệnh sâu năn cọng hành ở Kiên Giang, Cần Thơ do ảnh hưởng nền nhiệt thấp và mưa sớm. Hoặc thiệt hại lúa đông xuân và xuân hè giai đoạn thu hoạch vừa qua do mưa lớn, mưa quá nhiều cuối vụ.
Trong khi đó biến đổi khí hậu làm cho hạn hán và diễn biến mưa bất thường, mưa cường độ cao sẽ thường xuyên diễn ra làm cho việc duy trì nồng độ mặn hợp lý của các ao nuôi trồng thủy sản nước lợ trở nên khó khăn hơn, có thể gây sốc tôm và cá. Còn những thay đổi về nhiệt độ làm gia tăng nguy cơ dịch bệnh và ô nhiễm môi trường trong lĩnh vực nuôi trồng thủy sản.
Xu thế lũ vừa và nhỏ sẽ gia tăng và chiếm tuyệt đại đa số, cùng với các phát triển liên quan khác trên lưu vực và nội tại trên đồng bằng, sẽ làm giảm chất lượng nước trên đồng bằng và các vùng nuôi thủy sản. Lãnh đạo các tỉnh vùng ĐBSCL lo ngại về hệ thống cấp nước sinh hoạt vệ sinh môi trường nông thôn có nguy cơ bị ảnh hưởng trầm trọng, công trình cấp nước bị ngập, bị phá vỡ do thiên tai bão lụt.
Hệ thống giao thông nông thôn cũng bị ảnh hưởng, nhiều tuyến giao thông bị ngập lụt, xói lở mặt và nền đường. Sự cạn kiệt dòng chảy sông ngòi về̀ mùa khô dẫn đến thiếu hụt nguồn nước ngọt, giao thông đường thủy bị ảnh hưởng. Mực nước biển dâng, xói lở bờ sông gây mất đất tạo nên những làn sóng di cư bắt buộc gây mất ổn định và kém bền vững cho các chương trình phát triển, cải thiện sinh kế và sức khỏe cộng đồng.
