Lizoxôm không bị các enzim của chính nó thuỷ ngân vì:
- Cấu tạo màng lizoxôm đặc biệt, có lớp màng nhầy (giống như dạ dày có niêm mạc) ngăn cản sự tiêu huỷ
- Bình thường, môi trường trong túi lizoxôm có pH từ 3 - 4, nhưng các enzim này lại hoạt động chủ yếu trong môi trường trung tính. Chỉ khi lizoxôm hoạt động (khi tiêu huỷ tế bào già, ...) thì pH mới tăng lên.