Tuy nhiên bên cạnh những thuận lợi, cũng có những khó khăn nhất định trong quan hệ kinh tế. Ví dụ như, sự khắt khe của thị trường EU với nhiều tiêu chuẩn mới, đòi hỏi cao hơn về kỹ thuật, môi trường, vệ sinh an ninh dòng đầu tư chất lượng cao của Việt Nam. Mặc dù hợp tác phát triển giữa Việt Nam và EU đến nay về cơ bản là ổn định, nhưng sau năm 2020, EU có thể điều chỉnh chính sách hợp tác phát triển với Việt Nam, lồng ghép nhiều hơn nữa các điều kiện tiếp nhận viện trợ phát triển chính thức, điều chỉnh nhóm nước ưu tiên sang khu vực các nước Bắc Phi... Thêm vào đó, do Việt Nam đã vượt lên nằm trong nhóm nước có thu nhập trung bình nên chính sách của EU sẽ hướng đến các lĩnh vực phát triển khác, như biến đổi khí hậu, phát triển năng lượng bền vững, tăng cường thể chế...
Về an ninh - chính trị, sự hiện diện của EU tại khu vực châu Á - Thái Bình Dương không rõ ràng và mạnh mẽ như ở lĩnh vực kinh tế. Chính vì vậy, tiếng nói của EU trong các vấn đề xung đột hiện nay chưa có nhiều tác động sâu sắc. Việt Nam cần xác định rõ tầm ảnh hưởng của EU trong các vấn đề này để từ đó có thể tận dụng vị thế “trung gian” và quan điểm ủng hộ hòa bình và luật pháp quốc tế của EU.
Quan hệ Việt Nam - EU trong thời gian tới cũng phụ thuộc vào sự phát triển của EU. Chính vì vậy, những khó khăn gần đây trong nội khối EU, như khủng hoảng về di cư, xu thế dân túy, chủ nghĩa dân tộc cực đoan, việc nước Anh rời EU (Brexit),... cũng có những tác động nhất định đến việc thúc đẩy quan hệ giữa hai bên. Nếu EU tiếp tục phát triển theo hướng nhất thể hóa, trở thành một chủ thể thống nhất trên tất cả các lĩnh vực, có tiếng nói trọng lượng hơn trên trường quốc tế... sẽ góp phần mạnh mẽ vào việc thúc đẩy chủ nghĩa đa phương, hòa bình và ổn định ở châu Âu cũng như trên thế giới. Một điều thấy rõ rằng, Việt Nam sẽ là một trong những đối tác được “hưởng lợi” từ sự lớn mạnh của EU.
Kể từ thời điểm ký kết FCA đến nay, quan hệ Việt Nam - EU đã chuyển từ quan hệ mang tính bị động, một chiều giữa “nước nhận viện trợ và nhà tài trợ” thành quan hệ đối tác bình đẳng, hợp tác toàn diện, phát triển bền vững... và ngày càng đi vào chiều sâu. Trên cơ sở những lợi ích song trùng, việc củng cố, tăng cường quan hệ Việt Nam - EU bình đẳng, đôi bên cùng có lợi là nhu cầu chiến lược của cả hai bên, do đó, quan hệ hợp tác Việt Nam - EU sẽ ngày càng phát triển theo chiều sâu và hiệu quả hơn nữa./.
