Phong trào Cần Vương phát triển qua 2 giai đoạn:
a)Từ năm 1885 đến năm 1888
Thời gian này, phong trào được đặt dưới sự chỉ huy của Hàm Nghi và Tôn Thất Thuyết, vời hàng trăm cuộc khởi nghĩa lớn nhỏ nổ ra trên phạm vi rộng lớn, nhất là Bắc Kì và Trung Kì.
Tiêu biểu là cuộc khởi nghĩa của Mai Xuân Thưởng ở Bình Định, cùng nổi dậy có Bùi Điển, Nguyễn Đức Nhuận, Đào Doãn Địch, Nguyễn Duy Cung…,;Trần Văn Dự, Nguyễn Duy Hiệu, Phan Thanh Phiến nổi lên ở Quảng Nam; Lê Trung Đình, Nguyễn Tự Tân nổi dậy ở Quảng Ngãi; Trương Đình Hội, Nguyễn Tự Như ở Quảng Trị; Lê Trực, Nguyễn Phạm Tuân ở Quảng Bình; Lê Ninh, Phan Đình Phùng, Cao Thắng ở Hà Tĩnh; Nguyễn Xuân Ôn, Lê Doãn Nhạ ở Nghệ An. Tại Thanh Hóa có các đội nghĩa quân của Phạm Bành, Đinh Công Tráng, Tống Duy Tân, Cao Điển…Vùng đồng bằng Bắc Kì có khởi nghĩa của Tạ Hiện (Thái Bình), Nguyễn Thiện Thuật (Hưng Yên). Tại vùng Lạng Sơn, Bắc Giang có khởi nghĩa của Hoàng Đình Kinh (Cai Kinh); vùng Tây Bắc có các phong trào của Nguyễn Quang Bích, Nguyễn Văn Giáp, Đề Kiều, Đốc Ngữ, Đèo Văn Thanh, Cầm Văn Toa…
Lúc này, đi theo Hàm Nghi và Tôn Thất Thuyết có nhiều văn thân, sĩ phu và tướng lĩnh khác như: Trần Xuân Soạn, Tôn Thất Đàm, Tôn Thất Thiệp (2 con của Tôn Thất Thuyết), Phạm Tường, Trần Văn Định….Bộ chỉ huy của phong trào đóng tại vùng rừng núi phía tây hai tỉnh Quảng Bình và Hà Tĩnh.
Cuối năm 1888, do có sự chỉ điểm của Trương Quang Ngọc, vua Hàm Nghi rơi vào tay giặc. Nhà vua đã cự tuyệt mọi sự dụ dỗ của Pháp, chịu án lưu đày sang An-giê-ri (Bắc Phi).
b)Từ năm 1888 đến năm 1896
Ở giai đoạn này, không còn sự chỉ đạo của triều đình, nhưng phong trào vẫn tiếp tục phát triển, quy tụ dần thành các trung tâm lớn và ngày càng lan rộng.
Trước những cuộc hành quân càn quét dự dỗi của thực dân Pháp, phong trào ở vùng đồng bằng ngày càng bị thu hẹp và chuyển lên hoạt động ở vùng trung du và miền núi. Tiêu biểu là cuộc khởi nghĩa Hùng Lĩnh do Tống Duy Tân và Cao Điển chỉ huy ở vùng rừng núi phía tây tỉnh Thanh Hóa, khởi nghĩa Hương Khê do Phan Đình Phùng và Cao Thắng lãnh đạo ở vùng rừng núi phía tây tỉnh Hà Tĩnh.
Khi tiếng súng kháng chiến đã lặng im trên núi Vụ Quang (Hương Khê-Hà Tĩnh) vào cuối năm 1895-đầu năm 1896, phong trào Cần Vương coi như chấm dứt.
