Nguyên nhân là phát sinh trong quá trình giao phối do sự phân li độc lập và tổ hợp tự do của các NST trong quá trình giảm phân và thụ tinh , do tương tác gen , hoán vị gen.
Quy luật phân li độc lập đã chỉ ra một trong những nguyên nhân làm xuất hiện những biến dị tổ hợp vô cùng phong phú ở các loài sinh vật giao phối. Loại biến dị này là một trong những nguồn nguyên liệu quan trọng đôi với chọn giống và tiến hoá.