Tiêu hóa hóa học diễn ra ở miệng (tiêu hóa tinh bột), ở dạ dày (tiêu hóa protein), ở ruột non (tiêu hóa tất cả các chất). Tuy nhiên quá trình tiêu hóa hóa học chủ yếu diễn ra ở ruột non vì chỉ ở ruột non thì mới có đủ các loại enzim để tiêu hóa các loại chất hữu cơ có trong thức ăn.
Ở động vật có ống tiêu hóa, quá trình tiêu hóa hóa học diễn ra chủ yếu ở ruột non, vì ruột non tiết ra nhiều các loại enzim phân giải phần lớn các chất để co thể hấp thu.
