Quần thể cân bằng di truyền khi cấu trúc di truyền của quần thể có dạng:
$p²AA + 2pqAa + q²aa = 1$ với p, q lần lượt là tần số alen A và a.
Quần thể chỉ biết tần số alen thì không xác định được có cân bằng di truyền hay không. Muốn biết quần thể có cân bằng di truyền hay không cần phải biết cấu trúc di truyền của quần thể.