Giống nhau:
- Đều nằm trong phong trào Cần Vương cuối thế kỉ XIX
- Lãnh đạo: đều là các văn thân, sĩ phu yêu nước.
- Đều bị đàn áp và thất bại.
Khác nhau:
- Khởi nghĩa Bãi Sậy dựa vào địa thế thuận lợi, nghĩa quân đã sử dụng lối đánh du kích độc đáo, phân tán trong nhân dân thành nhóm nhỏ, khi ẩn, khi hiện, luôn chủ động phục kích đánh giặc trên đường đi hoặc tập kích các đồn lẻ của chúng.
- Việc xây dựng căn cứ thể hiện sự sáng tạo của nghĩa quân, cho nên khởi nghĩa tồn tại lâu hơn khởi nghĩa Ba Đình.
- Tuy nhiên, căn cứ Bãi Sậy không có thành lũy, công sự như căn cứ Ba Đình, quân khởi nghĩa Bãi Sậy không thể cố thủ như quân khởi nghĩa Ba Đình.
